Tente adicionar o ícone a ~/.icons usando o mesmo nome usado em /usr/share/icons/hicolor/... . O ponto é que os aplicativos olham primeiro em ~/.icons para os ícones de que precisam.
Por exemplo, o ícone do Nautilus é /usr/share/icons/hicolor/scalable/nautilus.svg . Se você quiser substituí-lo, adicione o ícone que você deseja /home/username/.icons com o nome nautilus.svg (deve ser uma imagem .svg neste caso).
Se ~/.icons não existir, você precisa criá-lo
cd && mkdir .icons
Observe que, em geral, você deve usar a mesma estrutura de pastas usada em /usr/share/icons/hicolor . É assim que você adiciona um novo tema de ícones, por exemplo.