Sim, é seguro, desde que sejam o mesmo release (que eles são neste caso) e você instalou na mesma partição ( C: ).
Quando você inicializar seu computador, ele ainda oferecerá uma escolha entre Windows e Xubuntu , mas ele irá inicializar o que estiver no root.disk . Se você quisesse alterar a entrada de inicialização de volta para o Ubuntu você teria que usar bcdedit ou easyBCD (para Windows 8/7 / Vista) ou editar o boot.ini (Windows XP) .
O Wubi é inicializado por grub4dos ( wubildr.mbr ) e uma versão de grub2 em wubildr . O que eles fazem é localizar o primeiro /ubuntu/disks/root.disk encontrado em qualquer partição e, em seguida, carregar o menu do Grub ( grub.cfg ) de dentro desse root.disk . Portanto, não importa o que está nesse root.disk (ou mesmo qual partição, fornecida no grub.cfg tem a partição correta UUID ). Então, se você instalou em C: tem que estar em C: ou você tem que editar manualmente a entrada do menu Grub antes de inicializar.
O único problema é que os módulos incorporados em wubildr devem ser compatíveis com o grub.cfg , portanto, alterar os lançamentos pode levar a incompatibilidades. Nesses casos, você pode inicializar manualmente a partir de um prompt do grub, mas é melhor manter o mesmo para evitar problemas.