verifique o arquivo /etc/apt/apt.conf
O conteúdo é, depois de aplicar o proxy "todo o sistema":
Acquire::http::proxy "http://172.16.0.2:8080/";
Acquire::ftp::proxy "ftp://172.16.0.2:8080/";
Acquire::https::proxy "https://172.16.0.2:8080/";
Mas, para que isso funcione, você deve adicionar seu nome de usuário e sua senha:
Acquire::http::proxy "http://<username>:<password>@172.16.0.2:8080";
Acquire::ftp::proxy "ftp://<username>:<password>@172.16.0.2:8080/";
Acquire::https::proxy "https://<username>:<password>@172.16.0.2:8080/";
Salve o arquivo e você está pronto para instalar coisas do terminal e do Centro de Software: P
(Note que o proxy só funcionará em navegadores de internet e software-center / terminal com apt-get)