Meu entendimento é que o Synaptic e o Ubuntu Software Center usam os mesmos comandos subjacentes de apt-get
e dpkg
para fazer o gerenciamento e a instalação reais. Um teste é instalar um programa usando um método (digamos apt-get) e verificar se ele é exibido no Sofware Center e no banco de dados Synaptic conforme instalado.
Em outras palavras, o Synaptic e o Ubuntu Software Center são front-ends gráficos para as ferramentas de linha de comando relevantes.
O uso de qualquer um deles deve estar bem.
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