Esse é um tópico muito grande, então vá para a seção # 5, onde diz:
Embora o DUA forneça informações valiosas, muitas vezes ele levanta questões sobre o seu uso. Aqui estão algumas coisas para ter em mente:
Uma vez que uma varredura é complete, a entrada superior, seja o sistema ou uma única pasta, sempre mostrará 100%. As porcentagens de subpasta somam 100%. 100% não significa necessariamente que não há espaço na partição.
Uma coisa semelhante aconteceu comigo no Debian 7 / Gnome 3. Eu tentei instalar o google-chrome, mas ele é instalado em / opt, então minha partição raíz é preenchida e abortada. O Gnome abre o Disk Usage Analyzer e diz 100%, mas o df diz apenas 52% em uso. Então, no meu caso, o DUA me enganou e só perdeu meu tempo. Me desculpe, eu não posso dizer por que seu programa falha, eu só diria que não está gerando arquivos grandes em algum lugar dessa partição.