Executar o thunderbird como um usuário administrador é uma Idéia ruim , especialmente porque é algo que geralmente é executado em segundo plano. Um invasor que encontrar seu computador com uma cópia do Thunderbird Open privilegiada pelo administrador pode (por exemplo) escrever um script hostil como um e-mail e usar privilégios de administrador para salvá-lo como texto em um sistema executável existente.
Eu consideraria, em geral, a criptografia de disco (junto com um tempo de bloqueio do sistema razoavelmente rápido) adequada nesta situação, mas se você estiver se sentindo paranóico, não mantenha cópias locais do correio.
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Desative a gravação de senhas de e-mail (ou pelo menos use uma senha mestra):
Edit->Preferences->Security->Passwords
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Configure contas IMAP para não salvar cópias locais de mensagens (
Edit->Account Settings->ACCOUNT->Synchronisation & Storage
).