Eu tive o mesmo problema e o consertei reinstalando o gerenciador de inicialização do Windows como meu carregador de inicialização principal / padrão e adicionando o carregador de boot do Linux (provavelmente o GRUB 2 para usuários do Ubuntu) ao gerenciador de inicialização do Windows.
Para corrigir o bootloader do Windows e torná-lo o padrão:
Para o Vista e o 7:
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Inicialize com o disco de instalação do Windows Vista ou Windows 7.
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Clique em Reparar o seu computador.
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Clique no sistema operacional que você deseja reparar e clique em Avançar.
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Na janela Opções de recuperação do sistema, clique em Prompt de comando.
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Digite Bootrec / fixmbr para reparar o Registro mestre de inicialização.
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Digite Bootrec / fixboot para reparar o setor de inicialização.
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Digite Exit e clique em restart.
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Para adicionar o Linux ao gerenciador de inicialização do Windows
Inicialize no Windows agora inicializável e instale o EasyBCD (gratuito para uso pessoal). Clique em "Adicionar nova entrada", clique na guia Linux, escolha "GRUB 2" para o tipo, selecione a opção para localizar automaticamente a unidade e clique em "Adicionar entrada".
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