Você pode limitar a largura de banda usada pelo apt-get.
Abra um terminal e execute este comando:
gksudo gedit /etc/apt/apt.conf.d/76download
Em seguida, cole e salve o seguinte (isso limitará os downloads a 30 KB / s; ajuste se necessário):
Acquire
{
Queue-mode "access";
http
{
Dl-Limit "30";
};
};
Fonte: link