Eu não tenho o sistema Ubuntu agora comigo. mas ainda assim posso ajudá-lo a pensar.
abra seu terminal e digite como
apt-cache search python3-matplotlib
Se você achar que está disponível, poderá instalá-lo em
sudo apt-get install python3-matplotlib
essa é a maneira mais preferida.
Agora, como usar o matplotlib com o python 3. Também postei uma pergunta aqui sobre como usar python2 e python3 lado a lado.
Simples, use python3 <filename.py>
ao executar seu programa com python3-matplotlib
e da mesma forma, se você usar o python2, ele carregará o python 2.
espero que ajude.