Encontrou pelo menos uma solução alternativa.
a redefinição do lyxpipe para ~ / .lyx / lyxpipe não é suficiente.
minha solução é criar vários arquivos .bib sãos e pequenos usando um editor de texto e adicioná-los à lista de citações do lyx.
por razões desconhecidas para mim, algumas entradas quebram o lyxpipe. Se forem colocados no final de cada arquivo .bib, as coisas parecem funcionar.
Felicidades: -)