Uma solução simples, porém grosseira, é definir a variável de ambiente FIGNORE
como uma lista de extensões separadas por dois-pontos a serem ignoradas durante a conclusão da tabulação. Isso já pode fazer o trabalho para você.
Se você quiser que certos tipos de arquivos sejam ignorados apenas para comandos específicos, será necessário escrever uma função de conclusão para esse comando. O HOWTO no link o ajudará no caminho.