Esses aplicativos não foram instalados porque são novos aplicativos nos repositórios, em oposição às atualizações. Você pode instalá-los manualmente.
Gnome Clocks é o pacote gnome-clocks
e pode ser obtido com:
sudo apt-get install gnome-clocks
O Gnome Weather é o pacote gnome-weather
e pode ser obtido com:
sudo apt-get install gnome-weather
Provavelmente não é tão difícil encontrar os outros novos aplicativos, se você tem alguma idéia de como eles são chamados, você pode digitá-los no apt-get install e pressionar a tecla para preenchimento automático. Por exemplo, encontrei o aplicativo de clima digitando:
sudo apt-get install gnome-w
e pressionando a tecla.