Pressionando Ctrl + L você verá uma barra de localização textual / manual aparece no gerenciador de arquivos Nautilus. Em seguida, edite o caminho como quiser, por exemplo,
sftp://192.168.x.x/var/
Eu acho que ele vai para /private/var/root/
por padrão, porque esse é provavelmente o diretório inicial do usuário no terminal remoto. A mesma coisa acontece quando se conecta a outro host usando SSH - seu diretório de trabalho atual será algo como /home/user
.