/ usr / include contém dados sobre seus pacotes, o que significa que uma nova instalação não gravaria nada nele. Temo que seu sistema tenha sofrido uma grande perda.
Talvez você possa tentar uma atualização para seus pacotes, mas por experiência, eu sei que isso geralmente não funciona com o Ubuntu.
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
Se você tiver sorte, o cache do apt ainda terá informações sobre pacotes que usaram / usr / include. Você pode encontrar uma lista usando dpkg -S /usr/include/* e usar sudo apt-get reinstall [package] para consertar as coisas.
Editar : a melhor solução encontrada nos comentários:
sudo apt-get install --reinstall $(dpkg -S /usr/include/*|cut -d':' -f1|tr -d ','|tr '\n' ' ')
Para reinstalar todos os pacotes que foram corrompidos.