Por "sistema" eu acho que você quer dizer a interface do usuário. Não há uma resposta simples para sua pergunta. Cada evento único (como eles são chamados na linguagem de programação) seja uma tecla pressionada ou um movimento de arrastar e soltar foi tratado de forma programática por algum pedaço de código no programa que você está usando atualmente.
Para saber mais, você precisa ler alguns livros sobre frameworks de interface do usuário para Linux (o GTK é usado pelo Gnome, o QT é usado pelo KDE). Basicamente, a estrutura da interface do usuário fornece um mecanismo de sinal / slot para manipular eventos (sinais sendo acionados por eventos e slots sendo o código do programa para executar a ação apropriada).