Eu finalmente encontrei uma maneira que funcionou para mim.
Eu formatei meu Kindle (particionei em / dev / sdc1) usando
sudo mkdosfs -F 32 -I /dev/sdc1
que fez o Ubuntu reconhecê-lo novamente como um dispositivo USB genérico.
Isso não foi suficiente, porque os arquivos que eu estava copiando não estavam presentes no meu Kindle então.
Eu o ejetei do meu computador e, mantendo-o conectado ao USB. Eu realizei uma redefinição de fábrica (você pode fazer isso a partir do menu de configurações do Kindle). [nota: Eu tentei um reset de fábrica sozinho antes de formatá-lo usando o mkdosfs mas ele não funcionou tão bem]
Quando terminou, tentei desconectar e conectar o USB e ele começou a funcionar novamente.