Se você não está querendo manter a estrutura de diretórios e apenas quer mover todos os arquivos para uma pasta, você pode fazer algo assim.
find /src/folder/1 /src/folder/2 -type f -exec cp {} /path/to/destination/ \;
Isso encontrará todos os arquivos -type f das pastas de origem, depois executará o comando -exec neles. Nesse caso, você deseja copiar cp na pasta de destino.
Tenha em mente que isso irá percorrer completamente as pastas de origem recursivamente. Se você quiser apenas aprofundar um certo nível nos diretórios de origem, use as opções -maxdepth no comando find.
find /src/folder/1 /src/folder/2 -type f -maxdepth 2 -exec cp {} /path/to/destination/ \;