Isso pode acontecer se você tiver feito upgrade de 12.10 e mantido a pasta / home. Para consertar isso, tive que limpar o banco de dados do Nepomuk e re-indexar tudo.
No meu caso, eu fiz:
qdbus org.kde.NepomukServer /nepomukserver quit
rm -rf $(kde4-config --localprefix)/share/apps/nepomuk/repository/
Em seguida, re-indexei os arquivos PDF:
cd; find . -name "*.pdf" | xargs -n1 -I{} nepomukindexer {}
... e arquivos ODT:
cd; find . -name "*.odt" | xargs -n1 -I{} nepomukindexer {}