Sim, o Compiz pode ser executado em um convidado no VMWare Workstation 9. O Compiz trabalha no servidor padrão X.Org desde 22 de maio de 2006 usando o GLX Indireto Acelerado ( AIGLX )
Editar: O Compiz depende da renderização do OpenGL, que é o que impedia anteriormente que fosse compatível com o VMWare Workstation. A versão atual do VMWare WS suporta a renderização adequada do OpenGL e, por isso, deve ser capaz de executar o Compiz depois que você tiver os drivers apropriados instalados na máquina convidada.