Como o arquivo de configuração do grub está armazenado nas partições que serão formatadas, sim, sua instalação anterior do GRUB desaparecerá - mas como Max disse acima nos comentários, ele executará o update-grub para gerar um novo menu. . Ele deve pegar o Windows e quaisquer outras entradas do GRUB que a instalação anterior do Ubuntu teria adicionado ao menu.