Eu tive um problema semelhante.
Veja o que funcionou no Ubuntu 12.04
Para mover arquivos de dados de /var/lib/mysql
para /newdir_path/newdir
sudo mysql stop
sudo rsync -av /var/lib/mysql /newdir_path/newdir ## like copy, but keeps rights
sudo -H gedit /etc/mysql/my.cnf
altere datadir
para /newdir_path/newdir
sudo -H gedit /etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld
em vez de:
/var/lib/mysql/ r,
/var/lib/mysql/** /rwk
digite:
/newdir_path/newdir/ r,
/newdir_path/newdir/** rwk,
Agora execute:
sudo /etc/init.d/apparmor restart
sudo chown mysql:mysql <b>/newdir_path
sudo start mysql