Para responder minha própria pergunta:
Eu estava latindo na árvore errada. Backup e restauração do Mythbuntu corretamente faz o backup e restaura a senha para o banco de dados com o banco de dados, mas aparentemente não é completamente em todos os lugares que é necessário (não em ~ mythtv / .mythtv / config.xml). Editar manualmente a senha ali para corresponder aos outros arquivos de configuração (como mysql.txt no mesmo diretório) resolveu o problema.
Para qualquer um que faça precise saber a senha do MySQL para um determinado usuário: Eu não sei se há uma maneira de descobrir isso, mas esta página dá um jeito de redefini-la para um valor conhecido: link