aptitude markauto marca pacotes como instalados automaticamente. Por padrão aptitude pede a remoção dos pacotes instalados automaticamente que não possuem um pacote dependente instalado. Então, se você correr:
sudo aptitude markauto <your long list of packages>
Ele pedirá a confirmação para marcar os pacotes como instalados automaticamente e se alguns desses pacotes não tiverem um pacote dependente instalado, ele solicitará uma confirmação para removê-los. Basicamente, os pacotes aptitude dizem que serão marcados como instalados automaticamente, têm pacotes dependentes instalados e não devem ser removidos, e os pacotes aptitude dizem que serão removidos, não têm pacotes dependentes instalados e podem ser removidos com segurança. Obviamente, você pode cancelar o comando antes de fazer qualquer alteração digitando Ctrl + C no prompt de confirmação.