Um método poderia ser ir para Configurações do sistema > Detalhes > Aplicativos padrão :
OutrométodopodeserclicarcomobotãodireitodomousenoarquivoquedesejaassociaraumprogramaeselecionarAbrircom(>Outroaplicativo...)ouselecionarPropriedades>Abracomaaba(achoqueessaéamelhoropção)eorestoébastanteauto-explicativo.Sevocê,porexemplo,definirumMP3paraserabertopeloprogramaVLC,entãotodososMP3sseriamabertospeloVLCquandoclicadoduasvezes.
Efinalmente(masnãooúltimo),e,defato,issoeuachoqueéoquevocêestáprocurando,outrométodopoderiaserusar
sudo apt-get install assogiate