Isso ocorre devido ao problema de fragmentação da partição NTFS. Como este é um fórum para o Ubuntu, você pode tentar resolver isso do Ubuntu com os programas ntfsprogs
(você pode já tem isso instalado de outra forma: sudo apt-get install ntfsprogs
). Inclui um comando para verificar o NTFS.
ntfsck /dev/sdb1
Onde eu suponho que sdb1 é seu disco (assim você pode precisar mudar isso).