Você provavelmente tem uma boa razão para querer inicializar a partir de um usb, mas apenas no caso de ser apenas o meio que você escolheu para colocar o Ubuntu na sua máquina - você sabe que pode instalar o ubuntu através do instalador do Windows, certo? Isso provavelmente é mais simples e não requer partições.
Eu instalei o 12.04 usando o instalador do Windows através do Vista, que estava sendo executado através do bootcamp em um MacPro. Rube Goldberg assinou o livro de visitas e até agora o software Ubuntu está funcionando bem. Quero dizer, em algum momento você pode querer particionar ou simplesmente se livrar do Windows inteiramente, mas se como eu esta é sua primeira instalação do Ubuntu, então eu acho que o instalador do Windows é o caminho mais fácil.