Você pode mudar de Alt para Super e vice-versa. Vá para Sistema> Preferências> Windows e nas Preferências do Windows Escolha qual "Chave de Movimento" você deseja usar.
Uma captura de tela para ilustrar é colocada aqui:
Além disso, se você estiver usando o compiz, poderá alterar quais atalhos de teclado você deseja usar para "Iniciar Movimentação da Janela" quando o plug-in "Ativar Janela de Movimentação" estiver em uso.
Aqui está uma captura de tela para ilustrar o que eu digo nas palavras acima: