Bem, isso aconteceu comigo também. Você não precisa realmente que o instalador do ubuntu reconheça as janelas para fazer o boot duplo.
O que eu fiz foi limpar a partição do Windows efi (arquivos do sistema) que de alguma forma foi formatada em NTFS e formatá-la com o FAT e instalar o Ubuntu em uma partição separada usando essa nova partição FAT.
Em seguida, carregue o CD de recuperação do Windows e adicione manualmente a partição efi, usando o prompt de comando, os arquivos de inicialização do Windows. Aqui está um guia sobre como fazer isso: link
O procedimento basicamente equivale a apontar onde está a partição do Windows, montar a partição EFI e executar bcdboot para criar o bool bcd no EFI na pasta do microsoft.
Em seguida, para ter certeza de que quando você reiniciar no Ubuntu para instalar o boot-repair , ele consertará a maioria dos erros do GRUB e de inicialização.
... ou tente brincar com o particionamento GPT, como a outra resposta indicada. É IMO tedioso, mas ei, isso é Linux. :)
Boa sorte!