Dois cuidados: 1) Mesmo sendo o autor do Deja Dup, eu ainda defendo simplesmente copiar arquivos para backups pontuais como este. A utilidade do Deja Dup é realmente para backups agendados de longo prazo.
2) O Deja Dup é voltado mais para backups de dados do usuário do que backups no nível do sistema. Dito isto, deveria funcionar. Ele só tem algumas verrugas como não ser capaz de ler alguns arquivos de propriedade da raiz como seu usuário regular (o que é normal, mas o DD não solicita permissões, ele simplesmente ignora e informa que perdeu o arquivo).
OK. Com essas ressalvas, eu diria apenas colocar / na sua lista de pastas incluídas. Deja Dup pula automaticamente pastas comuns como / proc que não devem ser submetidas a backup (a menos que você diga explicitamente para incluí-lo como você fez). Veja a documentação de ajuda para uma lista completa de pastas excluídas automaticamente