Particione seu disco rígido (redimensione e crie nova partição a partir do espaço livre) Em seguida, instale tudo nessa partição. Você pode fazer duas partições uma para / home e outra para /
Essa é a maneira mais segura de pensar e, se você fizer isso com cuidado o suficiente (para não confundir seu disco rígido com dados com dados), terá 100% de certeza de que seus dados não serão afetados
Na segunda parte da sua pergunta, não use o instalador. Sua finalidade é fazer stick inicializável para aqueles que não podem instalar o Ubuntu com CD / DVD. Embora você possa tê-lo com persistência, mas é a pior idéia! Basta fazer a instalação normal!