Existe o aplicativo Gnome Color Chooser que permite personalizar a área de trabalho. Instale emitindo o seguinte comando.
sudo apt-get install gnome-color-chooser
Se, então, aparecer no menu System Tools | Preferences
. Também pode digitar gnome-color-chooser
do terminal.
Na aba "Global Colors" há uma seção "Entry Field". Eu experimentaria ajustando essas cores para ver se você obtém um resultado melhor.