@MHC Obrigado pelos links e sugestões. O problema foi de fato com exo-utils. Instalei-o como uma rota mais fácil para tornar o dolphin o gerenciador de arquivos padrão, em vez de editar um script. Com exo-utils instalados. xdg-open e gnome-open eles abriram o arquivo como uma pasta e assim chamaram o gerenciador de arquivos. No entanto exo-aberto irá abrir o arquivo em linha reta. Quando eu desinstalei o exo-utils, o gnome-open e o xdg-open funcionaram normalmente. Eu também percebi que eu tinha que definir os padrões dos arquivos de dentro do nautlius e não apenas do dolphin se eu quisesse sinapse para abrir arquivos por padrão no meu aplicativo preferido.