Pelo que vejo, você está usando a biblioteca do OpenCV Computervision. Deve se comportar bem com outros pacotes. O sistema de empacotamento do Ubuntu irá reclamar se um novo pacote entrar em conflito com um já instalado (desde que ambos sejam instalados como pacotes).
Eu pesquisei (você pode fazer isso usando um gerenciador de pacotes como o synaptic) e o libopencv-core não entra em conflito com nada. Portanto, contanto que você experimente o gerenciador de pacotes / centro de software, tudo bem.
Espero que isso ajude, Patrick