Não tenho certeza se isso explica, mas o culpado pode ser o tipo de instalação, WUBI. Do wiki na WUBI :
Limitação da WUBI
... O desempenho relacionado ao acesso ao disco rígido também é um pouco mais lento, ainda mais se o arquivo de imagem do disco estiver fragmentado, em uma instalação do Wubi comparada a uma normal. ...
Veja também o FAQ da WUBI .
Isso não deve ocorrer quando o Ubuntu é instalado em sua própria partição ext4 (inclui instalações de inicialização dupla padrão). A fragmentação é mais do que a partição NTFS (usada pelo Windows) do que no ext4. A instalação WUBI usa um disco virtual (um arquivo grande) dentro da partição do Windows NTFS. A virtualização também contribui para a lentidão.