Ok, resolvi esse problema sozinho. : D
Inicie o cairo-dock no modo de manutenção a partir da linha de comando, assim:
cairo-dock -m
Como o cairo-dock --help
coloca, este modo é usado para Allow editing of the configuration before the dock is started and show the config panel on start.
Desabilitando as configurações recentemente confusas na janela que aparece, deve-se iniciar a doca do Cairo normalmente.
No meu caso, o tema que eu baixei era um desatualizado, e ele tinha alguns ícones provavelmente faltando, e quando o dock foi lançado, ele provavelmente estava procurando pelos ícones ausentes (como o terminal verbose diz). Eu tive que desativá-lo no modo de manutenção para recuperar meu dock. :)