ffmpeg não é um gravador, é um transcodificador. Está transformando o que você está gravando em um arquivo de vídeo compactado e reproduzível. É provável que um dos seus gravadores de tela esteja chamando isso.
Caso contrário, os gravadores de tela usam uma incrível porcentagem de recursos da CPU. Se você estivesse gravando com dois ao mesmo tempo, provavelmente não conseguiria usar sua área de trabalho, então acho que seria um problema muito grave.
Mas não acho que haja conflitos reais. A pilha de gráficos é bastante modular.
Ter dois instalados (mas não executados juntos) certamente não deve ser um problema.