Tendo o mesmo problema para se livrar desse erro, fiz o seguinte
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Pare o serviço MYSQL:
sudo service mysql stop
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Mude o diretório home do mysql do inexistente para o diretório original onde ele deveria estar:
sudo usermod -d /var/lib/mysql/ mysql
Agora inicie o servidor mysql novamente com:
sudo service mysql start
A mensagem de erro desapareceu. Ainda assim, por que isso acontece é desconhecido.