O principal problema que eu vejo é que se você jogar com muitas configurações de compiz, você pode achar que essas configurações causam problemas entre (digamos) o gnome classic e o gnome3. No passado, esses tipos de conflito se manifestaram principalmente na forma de Unity Launchers e painéis, exigindo que essas configurações fossem redefinidas para os padrões.
Se você fizer alguma pesquisa sobre onde as configurações de cada ambiente são armazenadas e se o compiz é usado ou não, você deve ser capaz de evitar problemas sérios ou pelo menos entender por que eles ocorreram.
Eu recomendo que você escolha um ambiente e fique com ele, ou use usuários diferentes para cada um, para que os arquivos de configuração não entrem em conflito. Desde que eu realmente faço isso com frequência ao testar versões de desenvolvimento, eu sei o quanto de alteração de dor os usuários realmente são, daí a minha recomendação para ficar com um ambiente.