Se você criptografou seus arquivos individuais antes de serem carregados no Ubuntu One e, portanto, são armazenados criptografados no servidor, o Ubuntu One só saberá sobre os dados criptografados que você enviou. Ele só baixará esses arquivos como eles existem no servidor. Você precisará da chave privada usada para criptografá-los, a fim de descriptografá-los. Se isso estava em seu laptop roubado e você não tem uma cópia ou backup dessa chave privada para usar, não será possível descriptografar os arquivos. Isso não tem nada a ver com o Ubuntu One.
Se você tiver arquivos visíveis no link que não está sendo baixado para a sua máquina, e você se inscreveu nas pastas, esses arquivos existem na sua máquina, então você deve entrar em contato com o suporte do Ubuntu One no link para obter mais assistência.