Eu sugiro que você verifique a grande partição SWAP que você tem. Eu posso ver que você tem uma máquina bastante strong, e eu suponho que você tenha uma boa quantidade de memória RAM - então você não precisa de muito espaço SWAP. Ter uma grande partição SWAP (ou seja, 2-3 GB) permite que o sistema utilize o disco rígido como memória RAM, por isso o seu disco rígido funciona mesmo que você não acesse arquivos no disco rígido no momento.
Infelizmente Ubuntu atribui muito espaço SWAP na minha opinião durante a instalação automática no meu caso Ubuntu levou 2 GB de 160GB HDD. tendo 4GB de memória RAM, penso que 256-512MB é o suficiente (meu amigo tendo 8GB de RAM não use nenhum SWAP)
Eu acho que isso pode ser parte do seu problema.