Eu finalmente descobri que o erro era o nível de acesso de gravação para o arquivo my.cnf para MySQL. Mudando isso para 644 e reiniciando o MySQL consertou isso.
Atualizei recentemente meu servidor Ubuntu (10.04 LTS) (apt-get update, apt-get upgrade), e tudo funciona bem, além do acesso root ao meu banco de dados MySQL.
phpMyAdmin, CakePHP e essencialmente todas as conexões retornam erros de acesso semelhantes. Por exemplo, o PMA retorna 'Falha na conexão do controluser, conforme definido em sua configuração'.
Eu tentei encontrar exemplos semelhantes dessa instância, mas não consigo encontrar assistência em qual configuração eu deveria estar mudando para restaurar o acesso de log de raiz. O mesmo problema ocorreu em dois servidores. Um tem usuários adicionais para que eu possa contorná-lo, mas o outro é um novo servidor de desenvolvimento com acesso apenas ao MySQL raiz, então estou preso em como resolver isso.
Eu finalmente descobri que o erro era o nível de acesso de gravação para o arquivo my.cnf para MySQL. Mudando isso para 644 e reiniciando o MySQL consertou isso.