Ele usa a interface do Windows para instalar o Ubuntu ao lado do Windows, para que a caixa de diálogo do Windows apareça na inicialização dizendo algo como ...
Choose which Operating System to boot:
Microsoft Windows XP Professional
Ubuntu 12.10 i386
Então, para responder sua pergunta, não. Se você decidir desinstalar o Ubuntu mais tarde, perderá os dados associados ao Ubuntu. Se decidir desinstalar o Windows mais tarde, perderá os dados associados ao Windows. Mas só para instalar, não.