Você adicionou o script ao /etc/init.d? Você tem que ligar simbolicamente o script que você escreveu em /etc/init.d para que ele seja executado na inicialização.
sudo chmod 744 /etc/init.d/fan-speed-init.sh
sudo chown root:root /etc/init.d/fan-speed-init.sh
sudo ln -s /etc/init.d/fan-speed-init.sh /etc/rc2.d/S99fan-speed-init.sh