O Wubi talvez seja o caminho mais fácil, mas fará do seu Ubuntu 'parte das janelas'.
A vantagem é: você pode facilmente desinstalá-lo como qualquer programa do Windows.
A desvantagem: é apenas um pouco mais lenta e um toque menos estável, se você instalar o Ubuntu em sua própria unidade ou partição, fora do Windows.
Mas, como você adivinhou, o instalador do Ubuntu (grub2) vai bagunçar o seu gerenciador de inicialização do Windows. No entanto, para evitar isso é fácil: o truque é colocar o gerenciador de inicialização do Ubuntu em sua própria partição de inicialização, em vez de modificar o do Windows. Siga o link que Rick Green adicionou abaixo da sua pergunta.
Uma descrição muito boa passo a passo de como fazer isso, é aqui .