O mesmo problema aqui desde a nova instalação de 12.10 64bits. Minha placa é AMD Radeon HD 5450 / catalisador 12.6. Eu não tive nenhum problema no meu 12.04 anterior.
Depois de registrar graficamente, há um cursor preto piscando sobreposto no X11, e este cursor é capturado ao fazer uma captura de tela inteira.
O cursor preto é a entrada do Alt + F1 tty: se eu usar Alt + F1 , Eu não mudo para o habitual console preto, mas o texto do console é sobreposto no X11.