Você não pode usar HDMI ou exibir porta com Nvidia Optimus, porque eles só podem ser usados com o Nvidia Chip. Eu estou tendo o mesmo problema e o bumblebee / optirun não resolve isso.
Você ainda pode usar sua porta VGA se tiver uma. Outra coisa que você pode tentar é mudar para o modo de gráficos discretos somente no BIOS, mas isso nem sempre funciona e, se isso acontecer, diminui a duração da bateria.
A Nvidia finalmente está trabalhando em drivers para dar suporte total ao Optimus no Linux. O driver funcionará com o kernel Linux 3.5 e XServer 1.13, que estão incluídos no Ubuntu 12.10. Espero que o motorista termine logo e resolva a dor com o Optimus.