Em vez de chamar os arquivos bash diretamente nos aplicativos de inicialização, você pode chamar gnome-terminal --command='<path_to_.sh>'
para cada serviço. Isso deve fazer o que você está procurando.
Eu tenho 2 arquivos bash que inicializam o servidor; um para o banco de dados e outro para o código.
Coloquei as preferências dos aplicativos de inicialização para iniciar os dois, mas o terminal não está visível, mas funciona.
Em vez de chamar os arquivos bash diretamente nos aplicativos de inicialização, você pode chamar gnome-terminal --command='<path_to_.sh>'
para cada serviço. Isso deve fazer o que você está procurando.