O Windows se recusará a ver e alterar qualquer partição do Linux na sua unidade. Recomenda-se, portanto, alterar as partições de uma sessão Ubuntu ao vivo, conforme foi elaborado nesta resposta:
Para instalar outro sistema operacional (por exemplo, Windows), é melhor deixar um espaço não particionado na unidade e deixar o instalador particionar e formatá-lo. Note que você não pode ter mais de 4 partições primárias.
Após ter instalado o Windows, você terá que reparar o Grub para poder inicializar o Ubuntu novamente: