Você tem o daemon notify-osd padrão do Ubuntu instalado? Talvez esteja em conflito com o daemon de notificação nativo do XFCE.
Aparentemente, quando se trata de daemons de notificação, pode haver apenas um .. infelizmente, o caminho certo não é executado e os pacotes não estão marcados para entrar em conflito. Os desenvolvedores do XFCE fecharam o relatório de bug, então eu suponho que, de acordo com os desenvolvedores do XFCE, você não deve ter o Gnome e o XFCE instalados no mesmo sistema.
Por que não apenas remover um? O daemon de notificação do XFCE não está vinculado ao XFCE AFAIK (embora eu não tenha realmente usado em qualquer DE diferente do XFCE), embora ele dependa do xfconf. Tanto o NotifyOSD quanto o xfce4-notifyosd são implementações do FreeDesktop Notification Standard, portanto, as notificações funcionariam igualmente bem em qualquer um deles (embora eu prefira xfce4-notifyosd, pois ele fornece um botão 'X' nas notificações sem correção e tem suporte a botões notificações).
Como o NotifyOSD é totalmente inconfigurável (e está destinado a estar "lá", por isso você não consegue fechar suas notificações manualmente e porque não suporta botões nas notificações), o XFCE não pode alterar suas configurações. Para fazer o que você quiser, você pode se livrar do NotifyOSD e usar o daemon de notificação do XFCE (que será iniciado assim que o NotifyOSD for) ou se livrar do xfce4-notifyosd e usar o NotifyOSD corrigido do leolik que permite definir a posição de suas notificações.
Se você estiver executando o Precise (que é o que eu suspeito como xfce4-notifyosd no Natty iria realmente entrar em conflito porque eles compartilham um arquivo), no entanto, o PPA do leolik não tem uma compilação precisa.
História curta ... remova um dos aplicativos de notificação.