Você não deve ter problemas - pelo menos em teoria. A compatibilidade da placa-mãe não é realmente um problema; uma vez que o computador é inicializado, o kernel do Linux é responsável pelas coisas, então os problemas envolvidos (tamanho do disco rígido e método de particionamento) devem ser resolvidos pelo kernel Linux, não pelo firmware do computador. O kernel do Linux há muito tempo suporta grandes discos rígidos e GPT. Se você inicializar dualmente com o Windows, no entanto, existem riscos potenciais, já que alguns drivers do Windows usam ponteiros de 32 bits, o que acabará destruindo dados em discos com mais de 2 TB.
Na verdade, o antigo firmware do BIOS não suporta explicitamente qualquer sistema de particionamento, nem mesmo o sistema Master Boot Record (MBR) usado na maioria dos computadores BIOS. Assim, a falta de suporte a GPT (GUID Partition Table) no BIOS não é um problema, mesmo se você quiser inicializar a partir do disco. (Há algumas ressalvas e limitações, mas não vou entrar nelas, pois elas seriam apenas uma digressão, já que você não planeja inicializar a partir do disco.)